Biomarcador baseado na resposta medible de microorganismos ás perturbacións do medio (p. ex., actividades encimáticas).

Un marcador microbiano ideal debe cumprir: 1) ser exclusivo de microorganismos; 2) ser bioloxicamente estable; 3) ser medible de forma simple, específica e sensible; e 4) non cambiar durante as fases de crecemento do organismo.