Conxunto de técnicas para eliminar as poboacións de microorganismos (bacterias, virus, fungos) que afectan ás raíces e minguan a produción dos cultivos. Pretende eliminar tanto os organismos activos como as súas estruturas resistentes e esporas.

Practícase a diferentes escalas, desde macetas até invernadoiros en horticultura ou en investigacións de laboratorio. En función do resultado final e das metodoloxías que se apliquen, clasifícanse en: 1) esterilización total ou desinfección parcial; e: 2) desinfección química ou desinfección física. En cada caso haberá que verificar previamente a súa eficacia e requiriranse avaliacións de risco para as persoas e o medio ambiente.