Variedade de organismos unicelulares, bacterias, arqueas, protistas e fungos presentes nunha área determinada. De momento, só se coñecen entre o 0,1 e o 10 % das especies microbianas.

A diversidade e actividade microbiana pódense utilizar como indicadores da fertilidade, estabilidade e funcionamento de ecosistemas e agroecosistemas, polo seu papel relevante na descomposición da materia orgánica e os ciclos dos nutrientes.