Forma de relación simbiótica na cal o fungo penetra nas células corticais das raíces dunha planta vascular formando estruturas dentro das células corticais. Por tanto, na interface fungo-planta, as membranas do fungo e a planta están en contacto directo entre si. A diferenza das ectomicorrizas, non forman corpos frutíferos externos (cogomelos).

Existen varios tipos de endomicorrizas, as máis coñecidas son as micorrizas arbusculares (AM, anteriormente denominadas micorrizas vesiculares-arbusculares (VAM)), as micorrizas ericoides e as orquídeas).