Rama da microbioloxía que estuda a composición e fisioloxía das comunidades microbianas e as súas interaccións co medio. Esta disciplina inclúe a microbioloxía do aire, a microbioloxía do solo e a microbioloxía da auga. A microbioloxía ambiental tamén interactúa con outras áreas de coñecemento como a saúde ocupacional e control de infeccións, a seguridade alimentaria, a microbioloxía industrial, a xeomicrobioloxía e a biorremediación.