A clasificación de microorganismos do solo baseada en diferenzas nutricionais aplícase a bacterias e foi Serguei Winogradsky (1924) quen introduciu os conceptos de poboación autóctona e de poboación cimóxena.

Estes conceptos serven para caracterizar a poboación do solo integrada por un compoñente autóctono (poboación microbiana autóctona), que exhibe un nivel de actividade metabólica baixo, pero bastante constante e, ao mesmo tempo, recoñecer a existencia dunha poboación que responde a refachos de actividade (poboación microbiana cimóxena), que corresponden á adición de nutrientes ou materiais enerxéticos ao solo.

A pesar de que esta teoría pode non ser enteiramente correcta, xa que a poboación microbiana do solo non sempre está claramente dividida, e non se pode aplicar a especies, xa que tódalas bacterias do solo responden a cambios na dispoñibilidade de nutrientes, o concepto básico sigue sendo útil. Isto é debido a que proporciona unha división fisiolóxica clara entre unha comunidade no solo que responde a recursos descompoñibles que flutúan amplamente, e unha comunidade que recibe un aporte de nutrientes baixo, pero máis constante. Esta distinción fisiolóxica baséase nas curvas de crecemento poboacional de Michaelis-Menten.

As poboacións autóctonas viven en solos que conteñen substratos recalcitrantes e por tanto están adaptadas a vivir en ambientes con baixa dispoñibilidade de nutrientes, e o seu tamaño poboacional non experimenta grandes flutuacións. Comprende principalmente bacterias cocoides do solo.

A poboación autóctona adáptase mellor a unha localización espacial nos poros máis pequenos e no interior dos agregados do solo onde a dispoñibilidade de nutrientes é baixa, pero a protección fronte a predadores é alta.