Biomarcador baseado na resposta mensurável de microrganismos a distúrbios ambientais (por exemplo, atividades enzimáticas).

Um marcador microbiano ideal deve: 1) ser exclusivo para microrganismos; 2) ser biológicamente estável; 3) ser mensurável de forma simples, específica e sensível; e 4) não mudar durante as fases de crescimento do organismo.