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Dois ou mais grupos microbianos atuando juntos como uma comunidade em um sistema complexo, onde todos se beneficiam das atividades uns dos outros.

A associação reflete estilos de vida sinérgicos ou sintróficos (comendo juntos) nos quais o crescimento e o fluxo cíclico de nutrientes se realizam de forma mais eficaz e eficiente do que em populações individuais. Os consórcios podem ser

ou ectossimbióticos, ou às vezes podem ser os dois.

Consórcio de microrganismos naturais ou microrganismos geneticamente modificados são utilizados na biotecnologia, pois possuem diversas vantagens: 1) maior capacidade degradativa, por meio da produção de enzimas que se complementam, o que permite uma rápida degradação de compostos orgânicos, com amplo espectro de ação; 2) grande adaptação às mudanças nas condições ambientais, o que dá maior estabilidade ao sistema; 3) são fáceis de manusear e são estáveis durante o armazenamento; 4) a ação não é tóxica, por isso é segura para o meio ambiente; 5) o custo é baixo.

Têm várias aplicações. Podem ser utilizados: 1) para decompor resíduos complexos, como petróleo, poluentes orgânicos, águas residuais e em bioremediação; 2) como alternativa aos fertilizantes sintéticos e pesticidas, por isso pesquisas estão sendo feitas nessas aplicações.