Conjunto de técnicas para eliminar as populações de microrganismos (bactérias, vírus, fungos) que afetam as raízes e reduzem a produção das culturas. Tem como objetivo eliminar tanto organismos ativos quanto suas estruturas e esporos resistentes.

É praticado em diferentes escalas, desde vasos até estufas em horticultura ou pesquisa laboratorial. Dependendo do resultado final e das metodologias aplicadas, são classificadas em: 1) esterilização total ou desinfecção parcial; e: 2) desinfecção química ou desinfecção física. Em cada caso, sua eficácia terá que ser verificada com antecedência e serão necessárias avaliações de risco para as pessoas e para o meio ambiente.