Variedade de organismos unicelulares, bactérias, arquéias, protistas e fungos presentes em uma determinada área. No momento, apenas entre 0,1 e 10 % de espécies microbianas são conhecidas.

A diversidade e atividade microbiana podem ser utilizadas como indicadores de fertilidade, estabilidade e funcionamento de ecossistemas e agroecossistemas, devido ao seu papel relevante na decomposição da matéria orgânica e nos ciclos de nutrientes.