Sob as condições de pH/Eh típicas de solos de mangue (valores de i>pH de ligeiramente ácido a neutro e potencial redox entre -100 e – 400 mV), os resíduos orgânicos se decompõem muito lentamente e grandes quantidades de carbono se acumulam, representando importantes sumidouros de carbono. No entanto, esses ecossistemas são muito sensíveis a mudanças ambientais, perturbações naturais e certas atividades humanas (dragagem, drenagem, etc), que facilitam a entrada de água oxigenada, podendo fazê-los passar de sumidouros de carbono a fontes de CO 2.
Nos sistemas de manguezais com valores mais baixos de Eh, predomina a formação de CH4 aquo, o que significa que, globalmente, os solos de mangue constituem uma fonte desse gás de efeito estufa.
Em ecossistemas de manguezais ricos em metais pesados, a drenagem pode causar o desenvolvimento de solos ácidos com sulfatos, o que aumenta os riscos ambientais, pois, por um lado, os solos são muito ácidos e inférteis e, por outro, a diminuição do valor do pH do meio torna esses metais capazes de serem mobilizados aumentando a sua solubilidade.