Uma forma de relação simbiótica na qual o fungo penetra as células corticais das raízes de uma planta vascular formando estruturas dentro das células corticais. Portanto, na interface fungo-planta, as membranas do fungo e da planta estão em contato direto entre si. Ao contrário das ectomicorrizas, não formam corpos frutíferos externos (cogumelos).

Há vários tipos de endomicorrizas; as mais conhecidas são micorrizas arbusculares (AM, anteriormente chamado de micorrizas vesiculares-arbusculares (VAM)), as micorrizas ericóides e as orquidóides).