Fatores que influenciam positiva ou negativamente a atividade dos microrganismos do solo: 1) condições ambientais: umidade (estresse hídrico devido à seca ou excesso de água); aeração (níveis de oxigênio); temperaturas extremas; 2) propriedades do solo: valor de pH, porosidade; 3) práticas agrícolas: irrigação, aplicação de fertilizantes, matéria orgânica ou aplicação de calcário, rotação de culturas, entre outros.

Depende da fase do ciclo biológico em que se encontram os microrganismos, que podem assumir formas de resistência como esporos, esclerócios, cistos, minicélulas, entre outros.