Associação composta por um hospedeiro (macrorganismo) e sua microbiota (microrganismos alojados no hospedeiro) que formam uma entidade ecológica. Por exemplo, na rizosfera, a raiz de uma planta e todos os microrganismos que a acompanham. É interessante conhecer a coevolução, aspectos funcionais e interações em diferentes ecossistemas.

O termo foi introduzido por Lynn Margulis no livro publicado em 1991 intitulado Symbiogenesis and Simbiotycism.

A seleção artificial de comunidades microbianas permite a criação de holobiontes que melhorem o comportamento da planta hospedeira frente a distúrbios ambientais, como por exemplo melhorar sua tolerância ao estresse hídrico, aspecto importante diante das mudanças climáticas.