Um grupo de táxons ou genes microbianos que estão presentes em menor abundância em um pequeno número de locais. É definido pela distribuição geográfica, abundância local e especificidade do habitat. Também chamado de microbioma raro.

Sua importância reside no fato de que podem desempenhar funções-chave no ecossistema, as quais podem ser consideradas desproporcionais em relação à sua abundância: 1) reduzir invasões microbianas indesejadas nas comunidades do solo; 2) contribuir para a produção de compostos antifúngicos voláteis, que protegem as plantas contra patógenos do solo.