Espaço concreto muito pequeno na matriz do solo ou dentro de um habitat, com características e condições únicas de umidade, temperatura, luz solar, componentes minerais, matéria orgânica, valor de pH, condições redox, disponibilidade de nutrientes, cobertura vegetal, entre outras, com respeito ao meio ambiente. Equivale a um microhabitat e contribui para aumentar a heterogeneidade dos ecossistemas.

Por exemplo, um agregado de solo pode conter um espaço anaeróbio (microsítio), enquanto sua superfície permanece aeróbica, de modo que os processos físico-químicos e biológicos serão totalmente diferentes em ambos os microsítios, apesar de estarem separados por apenas alguns milímetros.