Organismo que pode viver na presença de oxigênio molecular e quando este é escasso, pode utilizar compostos oxidados como receptores de elétrons.

No primeiro caso, pode desenvolver um metabolismo respiratório que lhe permite obter energia por oxidação na degradação de compostos orgânicos; enquanto que na ausência de oxigênio molecular desenvolve um metabolismo fermentativo através do qual obtém energia.

O Bacillus e Klebsiella, por exemplo, são microrganismos anaeróbios facultativos. Bactérias anaeróbias facultativas e fungos do gênero Trichoderma podem ser usados como controladores de organismos patogênicos do solo.