A classificação dos microrganismos do solo com base nas diferenças nutricionais se aplica às bactérias, e foi Serguei Winogradsky (1924) quem introduziu os conceitos de população autóctone e população zimogênica.

Esses conceitos servem para caracterizar a população do solo composta por um componente autóctone (população microbiana autóctone), que apresenta um nível de atividade metabólica baixo, mas bastante constante e, ao mesmo tempo, reconhecer a existência de uma população que responde a picos de atividade (população microbiana zimogênica), conforme a adição de nutrientes ou materiais energéticos ao solo.

Embora esta teoria possa não estar totalmente correta, uma vez que a população microbiana do solo nem sempre é claramente divísvel e não pode ser aplicada a todas as espécies, uma vez que as bactérias do solo respondem às mudanças na disponibilidade de nutrientes, o conceito básico ainda é útil. Isso ocorre porque fornece uma clara divisão fisiológica entre uma comunidade no solo que responde a recursos passíveis de decomposição amplamente flutuantes e uma comunidade que recebe um suprimento de nutrientes baixo, porém constante. Esta distinção fisiológica é baseada nas curvas de crescimento populacional de Michaelis-Menten.

As populações autóctones vivem em solos que contêm substratos recalcitrantes e, portanto, estão adaptadas a viver em ambientes com baixa disponibilidade de nutrientes, e seu tamanho populacional não sofre grandes flutuações. Comprende principalmente bactérias cocóides do solo.

A população autóctone adapta-se melhor aos poros menores e ao interior dos agregados do solo, onde a disponibilidade de nutrientes é baixa, mas a proteção contra predadores é alta.