Material orgânico usado por organismos do solo para viver e crescer. Seu potencial metabólico determinará a diversidade de substratos que poderão utilizar.

É também a substância sobre a qual atua uma enzima.

As células que morrem no solo (necromassa) também se tornam uma fonte de substrato para outros organismos.

Para realizar incubações de microorganismos no laboratório, p.ex., em placas de Petri, os meios de cultura são preparados com vários tipos de substratos. A sensibilidade e seletividade do substrato permite a diferenciação entre diferentes linhagens de microrganismos.