Substancia química producida por un ser vivo (algunhas bacterias e fungos) ou derivado sintético dunha substancia natural que, a baixas concentracións, exerce un control negativo sobre outros microorganismos, xa sexa producindo a súa morte, principalmente de bacterias (bactericidas), ou ben detendo o seu crecemento (bacteriostáticos).

Os principais mecanismos de acción dos antibióticos son: inhibición da síntese da parede celular, alteración das membranas celulares, inhibición da síntese de proteínas, inhibición da síntese de ácidos nucleicos, e bloqueo da síntese de metabolitos (p.ex. o ácido fólico) debido á súa actividade como antimetabolitos.

No solo, algúns microorganismos son sensibles a diferentes antibióticos, mentres que outros son resistentes e, posiblemente, sexan capaces de transformalos en produtos menos tóxicos, o que permite a recuperación das comunidades microbianas orixinais.

Dado que os antibióticos se prescriben e empregan amplamente en humanos e en animais, e que non se metabolizan por completo, son excretados de forma directa e pasan a estercos, xurros, lodos de depuradora, augas de rega e biosólidos en augas residuais tratadas e que se destinan a ser aplicados ao solo ou chegan a corpos de augas. Iso supón unha ameaza potencial para a diversidade estrutural, xenética e funcional das comunidades microbianas destes medios. Tamén poden ser absorbidos polas plantas e causar efectos fitotóxicos que afecten á xerminación e o crecemento dos distintos cultivos agrícolas.