Biodiversidade referente a organismos unicelulares do solo : bactérias, arqueias, protistas, fungos e vírus; em relação a: 1) número de espécies existentes; 2) propriedades das diferentes cepas de uma determinada espécie (diversidade infraespecífica) que se reflete nas propriedades metabólicas medidas por técnicas bioquímicas e na diversidade genética medida com técnicas de amplificação de sequência de DNA molecular (PCR, AFLP), ou com técnicas mais complexas como metagenômica.

Perturbações Ambientais (por exemplo, o estresse químico derivado de uma contaminação como um derramamento de petróleo), causam variações nas condições ambientais, que resultam em pressão seletiva que favorece esses microrganismos capazes de uma resposta mais rápida (Pseudomonas, Sphingomonas, Burkholderia, Ralstonia, Acinetobacter, entre outros), o que lhes permite tolerar o estresse. Dessa forma, a abundância dos diferentes grupos de microrganismos resistentes e o desaparecimento daqueles que são sensíveis permitem avaliar o grau de perturbação do ambiente.

As práticas agrícolas contínuas alteram a composição das comunidades microbianas, no sentido de empobrecerem sua diversidade e causarem efeitos negativos nos processos de decomposição da matéria orgânica e dos ciclos de nutrientes.