Grupo de microorganismos da mesma especie que conviven nun espazo limitado, e con conexións entre eles, o que lles confire algunha vantaxe.

As colonias microbianas xeralmente orixínanse por divisións sucesivas a partir dunha única célula (p. ex., bacterias), ou por reprodución asexual (p. ex., xemación) polo que son clons do individuo fundador. Un conxunto de células microbianas asociadas de forma irreversible a unha superficie e envoltas por unha matriz de natureza polisacárida forman un tipo de biopelícula (microcolonia), o que lles confire mellores propiedades e capacidades que por separado.

As colonias sociais consisten en organismos unicelulares e multicelulares unitarios que se agregan para formar unha colonia. Por exemplo, algúns mofos mucilaxinosos agréganse en colonias cando hai escaseza de nutrientes ou son difíciles de obter. Os insectos sociais (formigas, térmites e algúns grupos de abellas e avespas) viven en colonias cunha estrutura social moi xerarquizada, que actúa como un superorganismo.