Dous ou máis grupos microbianos que actúan xuntos como unha comunidade nun sistema complexo, todos beneficiándose das actividades do outro.

A asociación reflicte estilos de vida sinérxicos ou sintróficos (comer xuntos) nos que o crecemento e o fluxo cíclico de nutrientes realízanse de forma máis eficaz e eficiente que en poboacións individuais. Os consorcios poden ser endosimbióticos ou ectosimbióticos, ou ás veces ambos.

En biotecnoloxía utilízanse consorcios de microorganismos naturais ou de microorganismos modificados xeneticamente, xa que presentan diversas vantaxes: 1) maior capacidade degradativa, ao producir encimas que se complementan, o que permite a rápida degradación dos compostos orgánicos, cun amplo espectro de acción; 2) gran adaptación aos cambios das condicións ambientais, o que dá maior estabilidade ao sistema; 3) son fáciles de manexar e son estables durante o almacenamento; 4) a acción non é tóxica, polo que é segura para o medio ambiente; 5) o custo é baixo.

Teñen varias aplicacións. Pódense empregar: 1) para descompoñer residuos complexos, como petróleo, contaminantes orgánicos, augas residuais e en biorremediación; 2) como alternativa aos fertilizantes e pesticidas sintéticos, polo que se está a investigar nestas aplicacións.