A ecologia de um ecossistema tenta entender como o sistema como um todo funciona e não em suas partes, ou seja, nos principais aspectos funcionais do sistema, como a quantidade de energia produzida pela fotossíntese, como a energia ou matéria flui ao longo da cadeia alimentar, ou o que controla a taxa de decomposição dos materiais ou a taxa em que os nutrientes (necessários para a produção de nova matéria orgânica) são reciclados no sistema. Os ecossistemas naturais são considerados em equilíbrio, um estado de equilíbrio dinâmico entre componentes bióticos e abióticos que permanece relativamente estável, sujeito a mudanças graduais através da sucessão natural.