A ecoloxía dun ecosistema intenta comprender como funciona o sistema no seu conxunto e non nas súas partes, é dicir, nos principais aspectos funcionais do sistema, como a cantidade de enerxía que se produce mediante a fotosíntese, como flúe a enerxía ou a materia ao longo da cadea alimentaria, ou que controla a velocidade de descomposición dos materiais ou a velocidade á que os nutrientes (necesarios para a produción de nova materia orgánica) se reciclan no sistema. Os ecosistemas naturais considéranse en equilibrio, un estado de equilibrio dinámico entre os compoñentes bióticos e abióticos que permanece relativamente estable, suxeito a cambios graduais a través da sucesión natural.