Encima que realiza a súa actividade no interior da célula que o sintetizou.

Os encimas que pertencen a esta categoría únense a moléculas presentes no interior das células, xeralmente polímeros (p. ex., endopeptidases, endonucleases) e catalizan tódalas reaccións metabólicas que ocorren nas mitocondrias (glicólise), nos cloroplastos (fotosíntese) ou nos ribosomas.

Xa que a maioría dos encimas pertencen a esta categoría, o termo emprégase para diferencialos dos encimas extracelulares, aínda que existe a posibilidade de que haxa encimas con funcións endo e exoenzimáticas. Sintetizan material celular, pero tamén degradan os nutrientes que penetran na célula grazas á acción dos enzimas extracelulares.

A súa relación coa calidade do solo e o seu papel como indicador débese a que algúns endoenzimas, como as deshidroxenases, están presentes en tódalas células microbianas e por iso reflicten a actividade microbiana do solo.