Enzima que realiza sua atividade dentro da célula que ela sintetizou.

As enzimas pertencentes a esta categoria ligam-se a moléculas presentes dentro das células, geralmente polímeros (por exemplo, endopeptidases, endonucleases) e catalisam todas as reações metabólicas que ocorrem nas mitocôndrias (glicólise), nos cloroplastos (fotossíntese) ou nos ribossomas.

Dado que a maioria das enzimas pertencem a essa categoria, o termo é usado para diferenciá-las de enzimas extracelulares, embora exista a possibilidade de haver enzimas com funções endo e exoenzimáticas. Sintetizam material celular, mas também degradam nutrientes que penetram na célula graças à ação de enzimas extracelulares

Sua relação com a qualidade do solo e seu papel como indicador deve-se ao fato de que algumas endoenzimas, como as desidrogenases, estão presentes em todas as células microbianas e, portanto, refletem a atividade microbiana do solo.