Eliminação de organismos nocivos por meio de substâncias químicas, que podem ser de um amplo espectro de atividade (fumigantes), ou específicas para uma praga particular (fungicidas e nematicidas). Os fumigantes são substâncias tóxicas que são aplicadas ao solo na forma de gás, poeira, agentes molhantes ou grânulos, e sua eficácia dependerá do tipo de solo, seu teor de umidade e temperatura ambiente, entre outros fatores.

Geralmente consistem em uma fumigação com produtos químicos sintéticos como dicloropropeno ou cloropicrina, que são substâncias antimicrobianas de amplo espectro, fungicidas, herbicidas, inseticidas e nematicidas, que são incorporadas à água de irrigação e emitem metilisotiocianato. Deve ser consultado o Regulamento Oficial da União Européia que regula o uso de metam-sódio, metiltioisotiocianato ou combinações desses produtos.

O efeito dessas substâncias pode ir além dos organismos-alvo, devido ao seu amplo espectro de ação, para que possam causar efeitos negativos no solo e, sendo solúveis, possam ser transferidas para a água. Por outro lado, são substâncias prejudiciais à saúde humana, pois são tóxicas pela ingestão e prejudiciais à pele.

A proibição de alguns produtos químicos, como o brometo de metila, devido ao seu efeito destrutivo na camada de ozônio, levou ao desenvolvimento de técnicas biológicas alternativas para a eliminação de pragas de solos, como a biofumigação.