Eliminación de organismos nocivos por medio de substancias químicas, que poden ser dun amplo espectro de actividade (fumigantes), ou específicas sobre unha praga en particular (funxicidas e nematicidas). Os fumigantes son substancias tóxicas que se aplican ao solo en forma de gas, po, axentes mollantes ou gránulos, e a súa efectividade dependerá do tipo de solo, o seu contido de humidade e a temperatura ambiental, entre outros factores.

Polo xeral, pode consistir nunha fumigación con produtos químicos de síntese como dicloropropeno ou cloropicrina, que son substancias antimicrobianas de amplo espectro, funxicidas, herbicidas, insecticidas e nematicidas, que se incorporan á auga de rega e desprenden metilisotiocianato. Débese consultar o Regulamento Oficial da Unión Europea que regula o uso de metam-sodio, metiltioisocianato ou combinacións destes produtos.

O efecto destas substancias pode ir máis alá dos organismos-obxectivo, debido o seu amplo espectro de actuación, polo que poden provocar efectos negativos no solo e, ao ser solubles, poden ser transferidas ás augas. Por outro lado, trátase de substancias prexudiciais para a saúde humana, xa que son tóxicas por inxestión e nocivas para a pel.

A prohibición dalgunhas substancias químicas, como o bromuro de metilo, polo seu efecto destrutor da capa de ozono, levou a desenvolver técnicas biolóxicas alternativas de eliminación de pragas dos solos, como a biofumigación.