As principais estratégias na biorremediação microbiana baseada na interação microoganismo-contaminante são as seguintes: 1) biotransformação: degradação e eliminação do contaminante, aproveitando a capacidade dos microrganismos de degradar ou metabolizar compostos orgânicos complexos transformando-os em unidades mais simples que são menos tóxicas ou inofensivas à saúde humana e ao meio ambiente; 2) bioprecipitação e biocristalização: imobilização; 3) bioabsorção: adesão de metais na superfície celular e vinculação com polímeros extracelulares, ou infiltração de metais no meio celular; 4) bioacumulação: a taxa de absorção do contaminante é maior do que a taxa de perda e se acumula dentro do organismo; 5) biolixiviação: mobilização de contaminantes para facilitar sua posterior extração.