As principais estratexias en biorremediación microbiana baseadas na interacción microoganismo-contaminante son as seguintes: 1) biotransformación: degradación e eliminación do contaminante, aproveitando a capacidade dos microorganismos para degradar ou metabolizar os compostos orgánicos complexos transformándoos a unidades máis sinxelas que resulten menos tóxicas ou inocuas para a saúde humana e o medio ambiente; 2) bioprecipitación e biocristalización: inmobilización; 3) bioabsorción: adhesión dos metais na superficie celular e unión con polímeros extracelulares, ou ben infiltración de metais no medio da célula; 4) bioacumulación: a taxa de absorción do contaminante é maior que a taxa de perda e acumúlase dentro do organismo; 5) biolixiviación: mobilización dos contaminantes para facilitar a súa posterior extracción.