À partir da década de 1990, foi introduzido o fracionamento físico da MOS em seus constituintes orgânicos e inorgânicos de acordo com: 1) tamanho, com uma separação granulométrica clássica em que a amostra de solo é dispersa (quimicamente ou com ultrassom) e os diferentes tamanhos são separados por peneiramento e sedimentação; 2) densidade aparente, as partículas do solo são separadas por flutuação em uma solução mineral em matéria orgânica particulada, órgão-órgão, agregados organo-minerais e partículas minerais.