Os encimas participan en moitas funcións vitais dentro da célula: 1) degradación de macromoléculas (hidratos de carbono, lípidos e proteínas) e de compostos tóxicos; 2) síntese de macromoléculas; 3) replicación e expresión do xenoma; 4) transdución de sinais e procesos de regulación; 5) movemento de elementos celulares e transporte de substancias, entre outras.

Os encimas son altamente específicos e, en xeral, reaccionan cunha única substancia (substrato) que, frecuentemente, da nome ao encima engadíndolle o sufixo -ase.

Estableceuse un sistema internacional para a nomenclatura e clasificación dos encimas creado pola Enzyme Commission da International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB), segundo o tipo de reaccións que catalizan: 1) oxidorredutases, implicadas en reaccións de oxidación-redución entre dous substratos (deshidroxenases, oxidases, redutases, peroxidases, catalases, osixenases, hidroxilases); 2) transferases, que catalizan a transferencia dun grupo químico (distinto do hidróxeno) dun substrato a outro (transaldolases e transcetolases, fosforiltransferases, quinases, fosfomutases); 3) hidrolases que facilitan a degradación do substrato mediante a acción da auga (reaccións de hidrólise) (esterases, glicosidases, peptidases, fosfatases, tiolases, fosfolipases, amidases, desaminases, ribonucleases, sulfatases); 4) liases, que catalizan reaccións de ruptura ou de formación de enlaces entre substratos (descarboxilases, aldolases, hidratases, deshidratases, sintases); 5) isomerases, que catalizan a interconversión de isómeros (racemases, epimerases, isomerases, mutases); 6) ligases, que catalizan a unión de dous substratos con hidrólise simultánea dun nucleótido trifosfato, como o ATP ou o GTP (sintetases, carboxilases).