Refere-se a genes que não estão presentes em todas as espécies (eucariotas) ou em todas as cepas de uma espécie (procariotas), e, por definição, não são essenciais para a vida. Nos eucariotas corresponde aos cromossomos B ou supernumerários, que são aqueles cromossomos que apenas algumas espécies animais e vegetais têm, à parte de seu cariótipo normal. Nas células procariotas, os genes do genoma acessório conferem características adaptativas únicas, como a resistência a antibióticos, ou a capacidade de degradar e/ou assimilar um substrato específico ou fixar nitrogênio.