Asociación integrada por un hospedador (macroorganismo) e a súa microbiota (microorganismos aloxados no hospedador) que forman unha entidade ecolóxica. Por exemplo na rizosfera, na raíz dunha planta e tódolos microorganismos que a acompañan. Interesa coñecer a coevolución, os aspectos funcionais e as interaccións en diferentes ecosistemas.

O termo foi introducido por Lynn Margulis no libro publicado en 1991 titulado Symbiogenesis and Symbioticism.

A selección artificial de comunidades microbianas permite crear holobiontes que melloren o comportamento da planta hóspede fronte a perturbacións ambientais, como por exemplo, para mellorar a súa tolerancia ao estrés hídrico, aspecto importante fronte ao cambio climático.