Técnica de biorremediação baseada no uso de fungos para degradar ou sequestrar contaminantes (biossorção). Eles são usados in situ e em biorreatores.

Por exemplo, o fungo da podridão branca, Phanerochaete chrysoporium, graças ao seu sistema de enzimas lignolíticas (produção de lignina peroxidase e manganês peroxidase) tem a capacidade de degradar (mineralizar) poluentes orgânicos, como hidrocarbonetos aromáticos policíclicos (HAP), hidrocarbonetos aromáticos clorados (HAC), bifenis policlorados, organofosforados, dioxinas, pesticidas (DDT e lindano), herbicidas, entre outros. No entanto, as transformações são lentas. A espécie fúngica Pleurotus ostreatus é eficaz na degradação de plásticos biodegradáveis.

Para a biossorção de metais pesados, tem sido usados fungos como Aspergillus, Rhizopus, Botrytis , Neurospora, entre outros.