Em um contexto ecológico, uma comunidade de microrganismos comensais, simbióticos e patogênicos dentro de um espaço corporal ou outro entorno.

O microbioma do solo refere-se aos microrganismos presentes no solo e aqueles associados às raízes das plantas.

Na agricultura, o estudo do microbioma do solo está sendo promovido com diferentes abordagens: 1) inoculação microbiana de cepas microbianas únicas; 2) aplicação de consórcios microbianos, que aproveitam a ação combinada de vários microrganismos; 3) bioestimulação de microrganismos nativos através de práticas de cultivo (diversificação de culturas e adubação verde, entre outras).