Grupo de taxons ou xenes microbianos que están presentes con baixa abundancia nun número reducido de sitios. Defínese polo alcance xeográfico, abundancia local e especificidade do hábitat. Denomínase tamén microbioma raro.

A súa importancia radica en que poden desempeñar funcións claves no ecosistema que poden considerarse desproporcionadas en relación á súa abundancia: 1) diminuír as invasións microbianas non desexadas nas comunidades do solo; 2) contribuír á produción de compostos antimicóticos volátiles, que protexen ás plantas contra patóxenos do solo.