Um conjunto de táxons ou genes microbianos que interagem extensivamente com uma planta.

O microbioma vegetal pode sobreviver dentro ou fora dos tecidos vegetais, realizando várias atividades benéficas para as plantas, incluindo controle biológico de potenciais fitopatógenos e aceleração do crescimento das plantas.

Inclui: 1) microrganismos benéficos, que contribuem para o crescimento, desenvolvimento, resistência ao estresse e saúde da planta produzindo fitohormônios e antibióticos, solubilizando fosfatos, desenvolvendo atividades de biocontrole contra a invasão de patógenos e doenças e induzem resistência sistêmica da planta, entre outras funções; 2) microrganismos neutros; 3) microrganismos patogênicos, que produzem compostos fitotóxicos e causam doenças nas plantas.