No contexto ecolóxico, comunidade de microorganismos comensais, simbióticos e patóxenos dentro dun espazo corporal ou outro entorno.

O microbioma do solo fai referencia aos microorganismos presentes no solo e aos que están asociados coas raíces das plantas.

En agricultura estase a potenciar o estudo do microbioma do solo con diferentes enfoques: 1) inoculación microbiana de cepas microbianas únicas; 2) aplicación de consorcios microbianos, que aproveitan a acción combinada de diversos microorganismos; 3) bioestimulación dos microorganismos autóctonos por medio de prácticas de cultivo (diversificación de cultivos e abonado en verde, entre outras).