Organismo que pode vivir en presenza de osíxeno molecular e cando escasea pode utilizar compostos oxidados como aceptadores de electróns. No primeiro caso, pode desenvolver un metabolismo respiratorio que lle permite obter enerxía por oxidación na degradación de compostos orgánicos; mentres que en ausencia de osíxeno molecular desenvolve un metabolismo fermentativo polo medio do cal obtén enerxía.

Os Bacillus e Klebsiella, por exemplo, son microorganismos anaerobios facultativos.

As bacterias anaerobias facultativas e os fungos do xénero Trichoderma pódense utilizar como controladores de organismos patóxenos do solo.