Enzima extracelular que catalisa a hidrólise das ligações peptídicas das proteínas (peptidase) transformando-as em polipeptídeos e oligopeptídeos e, finalmente, em aminoácidos simples (proteólise), consistindo em uma etapa importante no ciclo do nitrogênio. Dependendo do seu modo de ação, podem ser distinguidas: endopeptidases, que hidrolisam ligações peptídicas dentro de cadeias protêicas; e exopeptidases, que hidrolisam as ligações peptídicas terminais das cadeias protêicas.

A atividade da protease aumenta em solos nos quais foram aplicados lodo de esgoto contaminado por metais, efluentes de deslintamento de algodão ou dejetos de suínos. Já em solos tratados com herbicidas, pesticidas ou que receberam derramamentos de óleo, a atividade da protease diminui.