Organismo eucariótico unicelular, sem parede celular e com metabolismo heterotrófico, historicamente considerado pertencente ao Reino Protista, Subreino Protozoa. No entanto, a classificação atual da árvore da vida em sete reinos considera os protozoários como um reino dentro do Domínio Eucariota. Sob esta denominação existem numerosos filos, daí seu caráter polifilético. Existem três grupos abundantes no solo, que segundo a nomenclatura convencional, sem validade taxonômica atual, são: flagelados, rizópodes (amebas nuas e tecamebas) e ciliados.

Fazem parte da microfauna do solo, com tamanhos de 3 a 250 μm. A forma da célula pode ser esférica, oval ou alongada. São mobilizados por flagelos (flagelados), pseudópodes (rizópodes) ou cílios (ciliados). Muitos formam colônias com poucas ou várias células. Algumas espécies podem desenvolver uma capa protetora que oferece resistência a condições adversas. A reprodução é geralmente por clivagem ou divisão binária (assexuada) que é realizada por divisão do organismo.

A distribuição é cosmopolita. A maioria dos protozoários são de vida livre, mas pode haver espécies mutualistas, parasitas ou comensais. Sua alimentação é variada, existem protozoários predadores (bactérias ou outros protozoários), herbívoros e saprófitos.

No solo vivem na água intersticial e na água pelicular (biopelículas) da superfície dos agregados. Sua importância reside no fato de que, consumindo as bactérias do solo, regulam as populações bacterianas, mantendo-as na fase de crescimento ativo. Os protozoários também excretam nitrogênio e fósforo, na forma de amônio e ortofosfato, como produtos de seu metabolismo.Alguns estudos mostraram que a presença de protozoários no solo aumenta o crescimento das plantas.