Estratexia de fitorremediación in situ que se basea na utilización das raíces das plantas para absorber e concentrar metais tóxicos presentes no medio acuático (p. ex., augas subterráneas contaminadas, augas residuais).
Requírense plantas que teñan un sistema radicular de crecemento rápido. A diferenza doutras técnicas de fitorremediación, a rizofiltración emprega plantas cultivadas de xeito hidropónico e cando o sistema radicular está ben desenvolvido transfírense ao sitio contaminado, para que as raíces absorban os contaminantes disoltos na auga. Cando as raíces se saturan do contaminante, as plantas coléctanse e procésanse.
Resulta eficaz con concentracións baixas de metais tóxicos como cobre (Cu2+), cadmio (Cd2+), cromo (Cr6+), níquel (Ni2+), chumbo (Pb2+) e cinc (Zn2+) e grandes volumes de auga.