Material orgánico que utilizan os organismos do solo para vivir e crecer. O seu potencial metabólico determinará a diversidade de substratos que poden utilizar.

Tamén é a substancia sobre a que actúa un encima.

As células que morren no solo (necromasa) pasan a constituír tamén unha fonte de substrato para outros organismos.

Para realizar incubacións de microorganismos no laboratorio, p. ex., en placas de Petri, prepáranse medios de cultivo con diversos tipos de substratos. A sensibilidade e selectividade do substrato permite diferenciar entre diferentes cepas de microorganismos.